Née dans un contexte de crise, l'association SOS Casamance, à la base, a été crée pour accompagner la volonté des autorités du Sénégal et du mouvement des forces démocratique  de la Casamance (M.F.D.C.), à la Paix et à la reconstruction de la Casamance.
Région méridionale du Sénégal, la Casamance est le théatre d'affrontements entre l'armée régulière et les combattants du M.F.D.C. (mouvement séparatiste), depuis plus de deux décennies.
L'association existe officiellement au Sénégal depuis 2001 et en France depuis décembre 2006 sous la loi 1901.
Cependant l'idée, a vu le jour en 1999 suite à la rencontre qualifiée d'historique entre l'ancien Président sénégalais Mr. Abdou Diouf et le défunt chef historique du MFDC Mr. Abbé Diamacoune Senghor. Cette rencontre a suscité beaucoup d'espoir chez les casamançais, espoir de voir mais surtout de vivre en fin la paix dans la région sud du pays. Pour ne pas être en reste dans cette œuvre de construction nationale et de consolidation de la paix qui est devenue une exigence des sénégalaises et sénégalais; en concert avec quelques amis nous avons lancé l'idée de création d'une association à but humanitaire, soutenue par les pouvoirs publics.